不適應症：

• 乾眼症：準分子雷射術後會產生眼睛乾澀（三至六個月會痊癒），或是用藥不當、疲勞過度也會使眼睛乾澀，可使用淚管插栓治療，不需手術且快又安全，不需取出三個月後自行溶解。
• 眩光：在夜間您會覺得對面的車燈或光線刺眼。通常起因於曈孔大小的變化（白天小、夜間大），容易發生在度數較高而角膜厚度較薄的病人身上，約二個月後會痊癒。
• 畏光：術後二週內，眼睛對光線有敏感的現象，可戴太陽眼鏡來改善，約二個月後會痊癒。
• 視力浮動；早、晚視力會有輕微變化，但多會漸漸穩定，年輕人「看遠」的視力會比「看近」的視力先恢復，約一個月會痊癒。
• 眼壓增高：少數人會對類固醇消炎藥物反應，造成眼壓增高，只要停藥並加上短暫適用降眼壓劑即可恢復，約一個月後會痊癒。

後遺症

1. 欠缺矯正及回歸：有些人再接受雷射手術一段時日後（六個月內），有開始趨向於近視，稱之為回歸。一般程度都很輕微，通常發生於高度近視的人。若經醫師評估後覺得適合，可再手術矯正回來。

2.過度矯正：如果持續過度矯正，一段時間後，可利用手術矯正回來。

3.不規則散光：術後三個月僅有少數病人會有不規則散光，嚴重者可戴眼鏡（或隱形眼鏡）矯正或再次雷射治療。

4.角膜混濁：多數病人在術後一至三個月內會有輕微的角膜混濁（PRK 手術者較常見），此為正常現象，大部份不會影響視力。較明顯的角膜混濁可再重複雷射手術。

5. 角膜發炎或潰瘍：機會非常少，小於千分之一，因為雷射光本身能殺菌，但角膜上皮未長好之前，仍要注意清潔。若不幸發生感染，醫生會針對致病菌給予適當抗生素治療。